Особое место в транспортно-планировочном комплексе Ленинграда занимают водные пути. В настоящее время активно благоустраивается водная система Невы и получает развитие речной и морской транспорт. Создан сквозной проезд почти на всем протяжении набережных больших и малых протоков, для пассажирских сообщений по трассе Волго-Балта построен речной вокзал в Невском районе, предполагается строительство вокзала в Гавани и а Васильевском острове для пригородных сообщений по Финскому заливу. Пассажирский район морского порта выведен на самостоятельную территорию в западной части Васильевского острова, здесь в створе Большого проспекта возведено здание Морского вокзала.

Создание мощного транспортного комплекса обеспечило удобство развивающихся городских сообщений и, как уже отмечалось, способствовало раскрытию центра со всех основных направлений города и окружения.

В отношении исторически сложившихся районов центра Ленинграда генеральный план декларировал только общие положения: бережное отношение и дальнейшее закономерное развитие планировочной структуры этих районов, образование на основе исторического центра обширной системы общегородского центра; постепенный вынос ряда предприятий и утилитарных устройств за границы центра; последовательная реконструкция кварталов и модернизация старого жилого фонда; реставрация памятников. Исторически сложившийся центр деловой и культурной жизни Ленинграда трактуется по генплану как основное ядро системы общегородского центра, получающего развитие вдоль Невы в юго-восточном и западном направлениях с выходом к побережью Финского залива, а также в южном направлении вдоль Московского и Ново-Измайловского проспектов. Городской центр выходит за административные границы центральных районов и образует пространственную композицию, включающую общественные центры планировочных районов города.